L’ichtyologie se caractérise par l’étude des poissons. Les poissons se situent au sommet de la chaine trophique des milieux aquatiques, c’est pourquoi une perturbation à d’autres échelles de la chaine trophique peut impacter fortement les communautés piscicoles par une relation proie-prédateur. De plus, les exigences écologiques des poissons diffèrent selon les espèces et les stades de leur cycle de vie. L’ichtyofaune est donc particulièrement sensible à la qualité des habitats (abris, zones de reproduction, de nurserie,…) et à la qualité physico-chimique de l’eau (température, pollution, turbidité…). Certains poissons ont aussi besoin de se déplacer sur de longue distance. Le saumon, qui est un des emblèmes du Rhin, vit en mer et remonte les fleuves et rivières pour se reproduire. L’anguille européenne, quant à elle, a cycle inversée : elle vit en eau douce avant de rejoindre la mer pour la fraie. L’étude de l’ichtyofaune permet donc aussi de rendre compte de la connectivité des cours d’eau.
Il existe plusieurs méthodes pour permettre un suivi ichtyologique.